Der Vorstand besteht aus höchstens fünf Personen, davon eine Geschäftsführung, ein Vorsitz und eine Stellvertretung. Die Geschäftsführung wird vom Deutschen Nationalkomitee des Lutherischen Weltbundes (DNK-LWB) entsandt. Die vier anderen Vorstände werden mit einfacher Mehrheit von der Kommission gewählt. Die Amtszeit des Vorstandes beträgt jeweils drei Jahre.
Der Vorsitz leitet die Arbeitssitzungen der Kommission, erarbeitet die Tagesordnung für die Sitzungen und berät die Geschäftsführung bei der Wahrnehmung der Aufgaben der Geschäftstelle.
Die Geschäftsstelle sorgt in Konsultation mit dem Vorsitz und dem Vorstand für die Kommunikation und den Informationsaustausch zwischen den Mitgliedern.
Dem Vorstand soll zumindest eine jüdische Beratung zugeordnet sein.